El inmueble, de estilo barroco, es un exponente de la arquitectura conventual franciscana del sur de España en el siglo XVII

El Consejo de Gobierno ha acordado inscribir en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz como Bien de Interés Cultural, con la tipología de Monumento, la Iglesia de San Francisco del Hospital en Puente Genil. Este templo barroco, de formas sencillas y ornamentación proporcionada, es un claro exponente de la arquitectura conventual franciscana del sur de España en el siglo XVII.

La iglesia remonta su origen a mediados del siglo XVII, cuando se estableció en Puente Genil la Orden de los Frailes Menores. Formaba parte del convento franciscano ubicado al principio de la calle Aguilar, que tras la Desamortización de 1835 fue utilizado como hospital desde el último cuarto del siglo XIX hasta fechas recientes. Aunque su construcción se enmarca en un primer Barroco de corte manierista por la resolución de las cubiertas, la pertenencia del templo al periodo más pleno de este estilo se manifiesta en los retablos principales, caracterizados por su decoración y policromía.

El edificio tiene planta de cruz latina, con nave de cinco tramos separados por pilastras, crucero cuadrangular, presbiterio y coro. La nave presenta una amplia cornisa de molduras superpuestas que recorren todo el perímetro interior y dan paso a las cubiertas, formadas por bóvedas de medio cañón con lunetos. La cúpula de media naranja del crucero, rematada por una linterna con las figuras de los evangelistas pintadas al fresco, está decorada con pinturas murales de hojarascas, flores e imitaciones de mármol.

La mitad superior de la nave presenta cinco lienzos de temática  franciscana y la inferior retablos dorados y policromados. En el presbiterio se ubican otros dos cuadros y el retablo mayor, de rica decoración floral. Tras la cabecera se sitúa el camarín, de planta cuadrangular, la cúpula y los paramentos pintados que imitan mármol rojo.

El exterior, construido en ladrillo y mampostería, presenta dos portadas. La principal, situada a los pies y actualmente cegada, es de ladrillo y tiene arco de medio punto enmarcado por pilastras toscanas. La lateral está realizada en piedra y presenta dos cuerpos, con vano de medio punto y tímpano triangular. Sobre ella se eleva una sencilla espadaña rematada por un tímpano triangular. Las cubiertas son de tejas, a dos aguas en la nave y a cuatro en el crucero.

El decreto de inscripción en el Catálogo General del Patrimonio Histórico incluye también los bienes muebles que se conservan en el templo. Entre ellos destacan piezas de algunos de los artistas más destacados del momento en el ámbito andaluz, como Luisa Roldán ‘La Roldana’, Pedro de Mena y Pedro Roldán. A este último se atribuye la talla del Señor de la Humildad y Paciencia, en el camarín de la iglesia, de gran popularidad en Puente Genil. Junto a las obras de arte que conforman los múltiples retablos, también se protegen diez pinturas de autor anónimo de los siglos XVII y XVIII.

Finalmente, la norma aprobada por el Consejo de Gobierno establece una zona de protección en torno al monumento, que abarca los inmuebles y espacios públicos colindantes de las calles Aguilar, Modesto Carmona, Luna y Antonio Baena.